با توجه به هدف هایی که بدان اشاره شد، آن حضرت وارد شدن به مبارزات حاد سیاسی را به صلاح ندانست. ازاین رو، در مبارزاتی که پس از حادثه خونین عاشورا در سرزمین های اسلامی رخ داد، نقش نداشت. حتی از تأیید مستقیم قیام مختار بن ابوعبیده ثقفی که موجب خشنودی وی شده بود، خودداری کرد. بنا به گفته احمدبن حنبل، وقتی مختار سر عمر بن سعد را به مدینه نزد علی بن الحسین علیه السلام فرستاد، امام به سجده افتاد1 (و خدا را بر این کار سپاس گفت). ولی حاضر نشد در قیام وی شرکت کند و رهبری قیام را بر عهده گیرد. از سوی دیگر نیز هرگز حاضر نشد با حاکمان جور کنار آید، بلکه به مبارزه منفی سیاسی روی آورد. امام نه تنها خود به آنان نزدیک نشد، بلکه عالمان درباری را نیز از نزدیک شدن به حاکمان بر حذر می داشت و پی آمدهای نزدیکی به حاکمان جور را به آنان گوشزد می کرد.2 امام مسئولیت سنگین عالمان دینی را امر به معروف و نهی از منکر می دانست و می فرمود:
ترک کننده امر به معروف و نهی از منکر، همانند کسی است که قرآن را پشت سر انداخته و عامل به آن نباشد، مگر اینکه به دلایلی از آن بپرهیزد و تقیه پیشه کند.
از وی پرسیدند: تقیه او بر چه اساسی است؟
فرمود: از حاکم ستمگر سرکش بترسد که از حد در گذراند یا سرکشی و طغیان کند.3
چنین بود که حاکمان ستمگر همواره از ایشان احساس خطر می کردند. بدین جهت، چندین بار حضرت را در مدینه دستگیر کردند و با غل و زنجیر به سوی شام نزد عبدالملک فرستادند.